Homologi Modelling

 

Contoh Hasil Homologi Modelling

Dengan memanfaatkan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligan dapat dilakukan skrining uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui aktif (ligan) pada prediksi sisi aktif protein. Berdasarkan informasi yang diperoleh dirancang senyawa baru yang diharapkan lebih poten dari senyawa-senyawa yang ada. Hal ini juga digunakan untuk studi interaksi ligan dengan protein targetnya. Salah satu kelemahan studi docking  dalam  studi interaksi adalah asumsi struktur protein yang kaku, yang tidak memfasilitasi efek induced-fit dari interaksi protein dengan ligannya. Fleksibilitas protein dan interaksinya dengan suatu senyawa dapat dianalisis dengan mengaplikasikan Molecular Dinamik (MD), simulasi yang melihat perubahan struktur suatu senyawa terhadap waktu berdasarkan parameter-parameter tertentu.

Akan tetapi sebelum melakukan langkah diatas yang pertama kali dilakukan adalah mencari protein target yang akan dijadikan sebagai model, langkah ini disebut sebagai homologi modelling. Kebanyakan program homologi ini menggunakan sistem operasi yang tidak umum dan tidak berbasis OS yang banyak digunakan pada komputer atau laptop, sehingga terkadang tidak user frenly akan tetapi masih ada cara yang lebih mudah untuk melakuan hal ini yaitu menggunakan bantuan situs Swiss model. Berikut Caranya

2 Komentar

Filed under In Silico

2 responses to “Homologi Modelling

  1. hmm….mantab
    salam hangat selalu
    pa cabar

  2. mas…maaf tapi apa saya bisa minta program pymol… klw bisa mohon dikirim ke email saya. terima kasih sebelumnya
    =======================================
    Pada awalnya pymol merupakan program yang free akan tetapi belakangan menjadi program yang berbayar, tapi disediakan juga yg versi education (free); mengingat kapasitas program ini melebihi file yang dibolehkan untuk di ‘attach’ nanti sy akan upload ke situs online storage.
    Sabar yach………….

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s