Docking Dengan ArgusLab

Pada Tulisan ini akan dibahas mengenai langkah demi langkah dalam melakukan docking menggunakan program arguslab, sebenarnya ada beberapa program yang dapat digunakan akan tetapi pada kali ini program arguslab yang akan dibahas. Semoga tulisan ini dapat membantu dalam mempelajari pemodelan molekul obat. Silahkan Unduh

ArgusLab

 

9 Komentar

Filed under In Silico

9 responses to “Docking Dengan ArgusLab

  1. Frengki

    He3..mau unduh cara docking nih…syukran

  2. -asE-

    thanks Ilmunya yah Pak Najib….semoga semakin ditambah sama Allah,,,amin.
    ======================================
    Amin….Amin tx yach Ahmad, smg ujiannya lancar n cepat sarjana

  3. Asw.
    Kak, setelah diprotonasi knp proteinnya tetap tak bermuatan?
    Setelah didocking ternyata kuersetinnya hanya terikat pd asam amino disekitar terget site, tapi tidak pada atom Cu-nya, kak.
    Bingung,kak. Mohon info lanjutnya.
    Syukran,kak..
    =======================================
    Wss.
    Ada baiknya proteinnya dioptimasi dengan menggunakan vega zz kemudian dilanjutkan dengan docking menggunakan arguslab.
    Mengenai keterikatan pada target site (atom Cu) ini juga tidak merupakan hal yang mutlak karena ada jarak tertentu dimana antara ligan dan target masih dapat berinteraksi.
    Ada baiknya download juga eBook nomor 39 (Searching for Molecular Solution)
    Semoga informasi ini berguna

    Wassalam

  4. Edi Gunawan

    AsslamuAlaikum wr wb. Perkenalkan, saya Edi Gunawan dari Farmasi UIN alauddin Makassar (:p). Saya mencoba untuk mengambil skripsi di bidang kimia komputasi, dan saya ingin bertanya tentang senyawa-senyawa yang dapat diterima sebagai rujukan untuk di kembangkan dengan teknik komputasi pak??? Karena dalam mengambil senyawa penuntun ini, saya masih bingung pak.
    wassalam
    ================================================
    Wa alaykum mussalam wr. wb
    Saran sy ada baiknya menggunakan kajian docking molekuler dengan pertimbangan softwarenya relarif free dan bukan program bajakan. Adapun struktur rujukan yang anda maksud; pada dasarnya semuanya dapat diterima dengan syarat sesuai dengan objek kajian yang akan dijadikan sebagai tugas akhir.
    Saran sy ada baiknya klik juga kategori insilico pada sidebar yang ada disamping kiri untuk mendapatkan sedikit tambahan mengenai kajian ini.
    Semoga membantu.

  5. arief

    assalamu’alaikum
    saya arief mahasiswa univeristas surabaya fak teknobiologi,programstudi bioteknologi saya berminat dengan docking sebagai judul skripsi saya. saya mau tanya
    1. darisemua software docking yang tersedia baik itu autodock vina autodock 4 dan arguslab manakah yang lebih cocok digunakan untuk skala S1.
    2. dari jurnal yang saya baca autodock dan vina lebih cocok digunakan pada OS linux karena beberapa aplikasi tambahan yang hanya bisa dijalankan di linux. bagaimana dengan arguslab apakah compatible dengan program windows.
    3. bagaimana proses screening pada saat melakukan docking?
    4. dimanakah kita mendapatkan ligan yang kita butuhkan untuk docking? apakah harus menggambar/membuat sendiri atau ada semacam bank ligan.
    terimakasih sebelumnya.
    ===============================================
    Wa alaykum mussalam
    Berikut jawabannya
    1. Saya sarankan untuk menggunakan autodock vina/aotudock, akan tetapi apabila laptop yang anda gunakan grafiknya shareware semoga saja pembimbing anda kelak bisa paham dikala anda menggunakan Arguslab.
    2. Apabila aplikasi tambahannya tidak anda butuhkan pada penelitian dengan basic software yang ada autodock vina berjalan lancar dengan OS Windows, demikian pula dengan Arguslab.
    3. Screening ada dua metode, Blindscreening sekiranya belum ada literatur yang membahasnya atau dengan screening terorientasi (seperti dipembahasan pada Artikel terakhir kategori Insilico di blog ini 01/03/2012)
    4. Pada dasarnya ligan harus dibuat, sebagai informasi tambahan bisa digunakan program ChemSketch.

  6. arief

    untuk melakukan docking pada autodock kita harus melakukan scripting menggunakan phyton apakah dengan arguslab kita juga melakukan hal yang sama?
    ===============================================
    Arguslab tidak memerlukan scripting.

  7. agung

    kalo pake autudocks MGL tools gimana caranya??
    =========================================
    Semoga posting ini membantu :
    https://nadjeeb.wordpress.com/2012/12/13/autodock-tutorial/

  8. SINTA PRATIWI

    Assalamualaikum,…

  9. SINTA PRATIWI

    pak saya sedang melakukan dstudi interaksi senyawa yang sudah saya sintesis, senyawa yang saya sintesis merupakan senyawa turunan tiourea yaitu 1-(4-bromo benzoil)-3-fenil tiourea sebagai antibiotik. saya melakukan docking dengan menggunakan arguslab, akan tetapi saya mengalami hambatan pada pencarian reseptor, sampai saat ini sya belum menemukan reseptor yang cocok. apakah bapak punya saran untuk saya?
    saya sudah mencoba memvalidasi argus dengan beberapa reseptor antibiotik yang saya download dari pdb, akan tetapi nilai RMSDnya selalu lebih dari dua atau kalau tidak reseptornya tidak bisa di docking di argus. sya mohon sarannnya pak! terimakasih sebelumnya….

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s