11.25.09
Mencari Protein Interest
Dalam metode pemodelan molekuler langkah paling penting adalah menentukan protein target yang akan dikerjakan. Pada tulisan kali ini akan diberikan cara mencari protein tersebut :
1. Buka situs http://www.pdb.org/pdb/home/home.do untuk mencari protein yang akan dicari, seperti pada gambar dibawah :
11.20.09
Sebab Kita Dicipta Berbeda
Karena kita diciptakan berbeda maka sungguh beruntung orang yang mau menghargai kelebihan dan memahami kekurangan orang lain, sebab tiada ada manusia yang sempurna, semua memiliki kekurangan dan masing-masing juga mempunyai kelebihan. Maka berbagi adalah hal yang indah dalam hidup ini. Berbagi dalam memahami bagaimana hidup itu dijalani bersama, berbagi dalam memecahkan persoalan yang dihadapi, sebab pada hakikatnya sebuah pertemanan atau apapun istilah yang tepat untuk kata yang semakna dengan itu adalah saling menggenapkan sesuatu yang masih kurang dan memperbaiki hal yang masih keliru. Dikala yang satu dalam kesulitan hendaklah yang lain membantu untuk meringankan, disaat yang lain terpuruk sepatutnya yang satu berusaha untuk mebuatnya tuk bangkit kembali.Kita jangan pernah berharap kesempurnaan itu selalu berada pada orang lain sebagaimana hal itu juga tidak mungkin kita miliki. Baca entri selengkapnya »
11.17.09
Homologi Modelling
Contoh Hasil Homologi Modelling
Dengan memanfaatkan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligan dapat dilakukan skrining uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui aktif (ligan) pada prediksi sisi aktif protein. Berdasarkan informasi yang diperoleh dirancang senyawa baru yang diharapkan lebih poten dari senyawa-senyawa yang ada. Hal ini juga digunakan untuk studi interaksi ligan dengan protein targetnya. Salah satu kelemahan studi docking dalam studi interaksi adalah asumsi struktur protein yang kaku, yang tidak memfasilitasi efek induced-fit dari interaksi protein dengan ligannya. Fleksibilitas protein dan interaksinya dengan suatu senyawa dapat dianalisis dengan mengaplikasikan Molecular Dinamik (MD), simulasi yang melihat perubahan struktur suatu senyawa terhadap waktu berdasarkan parameter-parameter tertentu.
Akan tetapi sebelum melakukan langkah diatas yang pertama kali dilakukan adalah mencari protein target yang akan dijadikan sebagai model, langkah ini disebut sebagai homologi modelling. Kebanyakan program homologi ini menggunakan sistem operasi yang tidak umum dan tidak berbasis OS yang banyak digunakan pada komputer atau laptop, sehingga terkadang tidak user frenly akan tetapi masih ada cara yang lebih mudah untuk melakuan hal ini yaitu menggunakan bantuan situs Swiss model. Berikut Caranya
11.06.09
Science of Love
Beberapa waktu yang lalu melakukan BW (Blog Walking) dan menemukan tulisan ini di Blog Prof. Zullies Ekawati (Guru Besar Bidang Farmakologi dan Farmasi Klinik di UGM), setelah diberikan izin untuk ‘copas’ maka terbitlah postingan ‘Science of Love’ cocok bagi seseorang yang lagi “kejatuhan” CINTA. Berikut Artikelnya : Baca entri selengkapnya »
11.04.09
Varicose Vein Syndrome
Vaccinium myrtillus
Kelainan pada vena telah banyak diakui pengobatannya dengan mengguakan terapi herbal termasuk pada pengobatan yang berhubungan dengan varicosities. Gejala yang dapat timbul pada penyakit ini adalah pelebaran vena yang tidak normal sehingga akan nampak tonjolan vena yang bentuknya berliku-liku. Keadaaan ini terjadi pada vena yang letaknya dipermukaan superficial veins (vena superficial) pada organ ekstermitas (pada tungkai dan lengan). Gejala ini biasa diikuti oleh rasa sakit atau perasaan tidak nyaman dengan gejala lanjutan berupa timbulnya tonjolan yang merupakan akibat dari pembengkakan, hilangnya endotel dan oedema. Hal ini lebih sering terjadi pada vena di betis karena adanya efek grafitasi yang menekanan vena. Hampir 20% gejala ini timbul pada orang dewasa terutama lagi pada wanita yang hamil.
10.31.09
Saponin
Pendahuluan
Saponin adalah segolongan senyawa glikosida yang mempunyai struktur steroid dan mempunyai sifat-sifat khas dapat membentuk larutan koloidal dalam air dan membui bila dikocok. Glikosida saponin bisa berupa saponin steroid maupun saponin triterpenoid.
Bagan Pembagian Saponin
Saponin merupakan senyawa berasa pahit menusuk dan menyebabkan bersin dan sering mengakibatkan iritasi terhadap selaput lendir. Saponin juga bersifat bisa menghancurkan butir darah merah lewat reaksi hemolisis, bersifat racun bagi hewan berdarah dingin, dan banyak diantaranya digunakan sebagai racun ikan. Saponin bila terhidrolisis akan menghasilkan aglikon yang disebut sapogenin. Ini merupakan suatu senyawa yang mudah dikristalkan lewat asetilasi sehingga dapat dimurnikan dan dipelajari lebih lanjut. Saponin yang berpotensi keras atau beracun seringkali disebut sebagai sapotoksin.
Baca entri selengkapnya »
10.23.09
Bersambung………
Tulisan ini ringan-ringan saja, yach sekedar berbagi dengan orang-orang yang ‘nyasar’ diblog ini, bahwa terkadang disaat kita lagi terpuruk atau lagi tidak mood diluar sana masih banyak yang lebih buruk lagi nasibnya. Tidak bermaksud untuk mengambil keutungan pada orang-orang tersebut; akan tetapi sebenarnya keadaan kita ini jauh lebih baik.
Sebuah kata bijak : “Barang siapa yang dipagi harinya bangun dalam keadaan sehat tubuhnya, cukup makan dan minumnya pada hari itu serta aman dari rasa takut; maka sesungguhnya ia telah memiliki dunia beserta isinya”.
10.15.09
Waspadai Bahan Kimia yang Dioplos dalam Jamu
Bila obat kimia mengobati penyakit dengan menekan gejala dan langsung membunuh biang keladinya (bakteri, virus, jamur, dll), efek jamu memakan waktu lebih lama karena lebih bersifat merangsang dan memberdayakan sistem pertahanan tubuh. Misalnya, saat kita demam karena flu; jika makan obat kimia, obat akan bekerja secara langsung menurunkan demam. Sedangkan jamu akan membangun sistem imunitas tubuh untuk melawan infeksi. Mekanisme itulah yang secara tidak langsung akan menurunkan demam. Meskipun demikian, jamu juga dapat meredam gejala.
Beberapa jamu mengandung herba yang memiliki senyawa aktif berkhasiat tertentu. Senyawa aktif tersebut bekerja mirip obat kimia, seperti mengatasi peradangan (antiinflamasi), melancarkan air seni (diuretik), menghilangkan rasa sakit (analgesik), dan membunuh bakteri (antibakteri). Bedanya, reaksi jamu dalam meredam gejala mungkin tidak sekuat obat kimia, sehingga memerlukan waktu lebih lama dan harus dikonsumsi dengan dosis khusus. Karena waktu yang dibutuhkan oleh obat herbal jauh lebih lama untuk menghasilkan efek yang dibutuhkan, banyak produsen obat jamu menambahkan bahan kimia obat kedalam produksi jamu untuk mempercepat terjadinya efek pengobatan. Berikut ini 9 obat kimia di balik “kemanjuran” jamu palsu. Baca entri selengkapnya »
10.08.09
Klik Ke-10.000 Kali
Alhamdulillah setelah cukup setahun, blog ini mencapai lebih dari 10.000x klik, semoga pada waktu yang akan datang blog ini dapat memberikan manfaat yang lebih banyak bagi para ‘pencari tugas’ atau sekedar blog browsing.
Untuk itu sebagai ucapan terima kasih atas kepercayaan pengunjung pada blog ini dan dalam rangka pencapaian klik yang 10.000x kami menghadiahkan beberapa e-book di bawah ini. Silahkan klik untuk download
Kromatografi
HPLC
Kromatografi adalah teknik pemisahan campuran didasarkan atas perbedaan distribusi dari komponen-komponen campuran tersebut diantara dua fase, yaitu fase diam (padat atau cair) dan fase gerak (cair atau gas).
Bila fase diam berupa zat padat yang aktif, maka dikenal istilah kromatografi penyerapan (adsorption chromatography). Bila fase diam berupa zat cair, maka teknik ini disebut kromatografi pembagian (partition chromatography).
Berdasarkan fase gerak yang digunakan, kromatografi dibedakan menjadi dua golongan besar yaitu gas chromatography dan liquid chromatography. Masing-masing golongan dapat dibagi lagi seperti yang telah disebutkan pada definisi di atas. [Selanjutnya...]
